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畜牧与动物医学
> 通过Dotter比对工具进行序列的精细比对图中所示的是猪mRNA序列EW102900.2与标记的基因组区域进行Dotter比对的结果,这种比对属于“一对一”比对,即特定一条序列与特定基因组区域进行比对,故精确性更高
通过Dotter比对工具进行序列的精细比对图中所示的是猪mRNA序列EW102900.2与标记的基因组区域进行Dotter比对的结果,这种比对属于“一对一”比对,即特定一条序列与特定基因组区域进行比对,故精确性更高
图片来源:
张杰,尚宗民,曹建华,樊斌,赵书红.
Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用 ,
遗传, 2012 (10).
>>查看本文图片摘要
图片关键词:
区域图
序列
“一对一”
特定基
基因组
精确性
区域
工具
多聚
序列
所属学科:
畜牧与动物医学
图片上下文:
第10期张杰等:Otterlace软件在猪全基因组序列人工注释分析中的应用1345图6通过Blixem比对工具注释基因的polyAfeature注释多聚A特征(polyAfeature),即多聚A保守位点(polyAsite)和多聚A信号序列(polyAsignal)。本文所举例
....
子CFL1基因存在两个最常见的加尾信号:aataaa和attaaa,通常情况下在加尾信号出现的下游16个bp左右的地方会进行多聚A的添加(ESTs证据中会显示出一连串的polyA,而在Blixem比对界面结果中则不会显示出来,例如图中标记为黑颜色的猪EST序列EW102900.2的最后两个碱基为ga,在其后面是一连串的polyA,而在比对结果中则未显示出)。图7通过Dotter比对工具进行序列的精细比对图中所示的是猪mRNA序列EW102900.2与标记的基因组区域进行Dotter比对的结果,这种比对属于“一对一”比对,即特定一条序列与特定基因组区域进行比对,故精确性更高。图的上部分中几条黑色斜线代表该mRNA序列中的某一段序列匹配上猪的基因组序列,图的下部分中蓝色标记的是与猪基因组序列相匹配的序列片段,此种比对可以进行人工移动碱基位置来比对序列,核查是否符合标准剪接及不同外显子序列间的连续性与否。动注释系统而言的,当前,不论是NCBI,还是Ensembl,都有一套自己的基因组自动注释系统。这类系统通常是基于所有公开数据库中的数据信息,由生物信息学工作者运用生物信息学方法和工具,
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